《换装迷宫3》号称“胶囊S·RPG”，本作的战斗系统采用“队伍战斗”，与以往不同的是，这次最多可以有4个队伍总共12人投入战斗中。在本作中人物的移动采用了非常独特的回合制，以●表示移动路线，○如果是白色表示不会与敌人接触可以无限自由移动，○如果是黄色表示有障碍物，不过依然可以移动。而○为红色时代表无法移动。移动中与敌人的角色接触就会开始战斗。游戏中的队伍有主角队、亲子队、女主角队等。本作新增了来自《命运传说2》和《仙乐传说》中的角色，并且新增了团队战斗系统。

战斗系统方面本作将会采用叫做CLMB的全新战斗系统，全称叫做“浓缩线性运动战斗系统”。该系统浓缩了《传说》系列到目前为止的多种战斗系统的特点，并且出现了多个队伍的同时行动，不同的队伍都有不同的冒险目的，玩家在游戏中还可以一边看地图一边玩游戏。

《换装迷宫3》讲述在一场大地震中发现了一个古代超级文明遗迹，在对这个遗迹中的装置进行修复之后，负责研究的布朗博士竟然成功设计出时间机器。然而这艘时间机器却被心怀不轨的人偷走，并且跑到“传说”的世界中改变历史，由于历史被改变，100天之后的世界将会面临灭亡的危机。就在大家不知所措的时候，100天后的布朗博士利用新设计的时间飞船来到了现在，并且让本作主角搭乘飞船前往“传说”世界阻止历史被改变。为了让两个小家伙具有打败敌人的能力，布朗博士送给他们从遗迹中发现的可以变身的换装服。