在昏暗的洗手间里，没有眼睛的四脚怪物啃食着人类浮肿的尸体，沉重的呼吸声与摇曳的灯光顿时让现场变成活生生的地狱。在外星基地的回廊上，由远而近传来的脚步声暗示着盘据此地的怪物正逐渐逼近主角的藏身之处，你以为距离与阴影可以让你幸免于难，但僵尸却从另外一个角落扑到你的身上。《毁灭战士3》在单人游戏剧情上的企图，是打算重新叙述这个火星基地逐渐失控的故事，而玩家所扮演的角色是一个孤独的幸存者、一名来自2145年的人类战士。你会在游戏初期面临无法理解的事件、难以对抗的敌人、以及咽下最后一口气的军人伙伴。他会遗憾的告诉你：「我撑不下去了，而你唯一的希望就是联络地球，呼叫支持。」而这也将变成玩家最重要的游戏目标。 而《毁灭战士3》在单机游戏里所强调的光影效果也会变成多人游戏时的特色之一，你的人物在动态光影下呈现的影子或身形都会变成其它玩家判断你所在位置的线索，反之亦然。而场景里会有各种开关与可互动的对象，包括电梯与灯光，也都会变成影响胜负的关键。